Alfonso werd geboren op 15 november 1453 in Tordesillas en overleed op 5 juli 1468 in Cardenosa.

Hij was de broer van Isabel. Zoon van koning Juan II van Castilie en koningin Isabel de Portugal en werd ook wel Alfonso el Inocente (de onschuldige) of Alfonso de Trastamara genoemd.

Tijdens La Farsa de Ávila, toen hij slechts elf jaar oud was, werd hij uitgeroepen tot koning met de naam Alfonso XII. Dit werd uitgevoerd door leden van de adel die zich verzetten tegen de regering van zijn halfbroer, koning Enrique IV. Hoewel hij tot koning werd uitgeroepen, oefende Alfonso in werkelijkheid nooit echt macht uit en werd hij een marionet van de adel.

Hierna brak een burgeroorlog uit tussen de aanhangers van Alfonso en die van zijn halfbroer Enrique. In 1467 vond ten slotte een veldslag plaats: de Tweede Slag bij Olmedo. Deze veldslag duurde van drie uur in de middag tot acht uur in de avond en eindigde onbeslist. Castilie bleef verdeeld in twee kampen.

Het hof van Alfonso werd geïnstalleerd in Arevalo, waar hij drie jaar in luxe verbleef, tot aan zijn dood.

Alfonso overleed op 14-jarige leeftijd in Cardeñosa. De officiële kronieken spreken van de pest als doodsoorzaak, maar de publieke opinie en recente onderzoeken opteren voor vergiftiging. Volgens geschiedschrijver Alfonso de Palencia is hij vergiftigd door of in opdracht van Pacheco, de markies van Villena.

Zijn stoffelijk overschot ligt in het Cartuja de Miraflores in Burgos, bij zijn ouders.